Carlos II (R. 1660-1685)
El hijo mayor superviviente de Carlos I, Carlos tenía ocho años cuando estalló la Guerra Civil. Estuvo con su padre en la Batalla de Edgehill y en Oxford, hasta que le ordenó buscar la seguridad de Francia.
los escoceses se horrorizaron cuando Carlos I fue ejecutado en 1649, y mientras Inglaterra se convirtió en una república, proclamaron a su hijo rey, y lo invitaron a venir a Escocia. Accediendo a las demandas Presbiterianas de que firmara el Pacto Nacional, lo hizo.,
Cromwell marchó hacia el norte, derrotó a los escoceses en la Batalla de Dunbar el 3 de septiembre de 1650, capturó parte del Sur de Escocia y se apoderó y retiró los registros públicos de la nación, aunque no logró tomar los honores de Escocia (la regalia Escocesa).
el 1 de enero de 1651, los escoceses coronaron a Carlos II en Scone (esta resultó ser la última coronación de este tipo en Scone). En julio, el ejército inglés marchó hacia Fife y luego capturó Perth, mientras que las fuerzas escocesas se dirigieron al sur hacia Inglaterra, donde fueron derrotados en la Batalla de Worcester el 3 de septiembre de 1651.,
Carlos II escapó y huyó a Francia una vez más. Los ingleses, mientras tanto, pasaron a tomar Stirling y Dundee.
el 1 de octubre, la resistencia Escocesa estaba efectivamente en su fin, y el gobierno inglés anunció que Inglaterra y Escocia serían a partir de ahora una mancomunidad. Esta unión entró en vigor a partir de 1652, aunque las actas de unión no se convirtieron en ley hasta 1657.
Escocia estaba insuficientemente representada en el Parlamento y un consejo de estado establecido en 1655 incluía sólo dos escoceses., El sistema administrativo y legal resultante fue eficiente, pero la ruina financiera fue generalizada, la legislación fue diseñada para adaptarse a la economía inglesa, pero no a la escocesa, y las divisiones eclesiásticas de larga data continuaron.
Carlos II pasó los siguientes nueve años en el exilio, hasta que en 1660 fue invitado de vuelta a Londres y restaurado al trono de su padre. Siempre recordó con disgusto su tiempo en Escocia. Los presbiterianos le habían regañado constantemente sobre la moralidad y le habían dicho que los reyes eran simplemente vasallos de Dios, como todos los demás, por lo que no tenía ningún deseo de volver al norte., En cambio, Carlos II dejó a su Secretario de Estado, Juan, Duque de Lauderdale, para hacer cumplir sus políticas de absolutismo real tanto en la Iglesia como en el estado.
objetando la reintroducción de Obispos en la Iglesia de Escocia, los Covenanters se rebelaron en el levantamiento de Pentland de 1666, pero fueron derrotados en la Batalla de Rullion Green, no lejos de Edimburgo.
Lauderdale intentó una política de conciliación, pero un nuevo pacto fue sofocado por el hijo ilegítimo del Rey, El Duque de Monmouth, en la Batalla de Bothwell Bridge en Lanarkshire el 22 de junio de 1679., La creciente oposición al gobierno corrupto de Lauderdale llevó a su caída del poder al año siguiente.
la fase final del reinado de Carlos II se tomó principalmente con intentos de resolver la disensión religiosa.
el rey no tenía hijos legítimos, y era muy consciente de que los escoceses veían con alarma la perspectiva de que su hermano católico Jacobo lo sucediera.
Charles murió después de un derrame cerebral en 1685 con el problema aún sin resolver.