Sytosolissa

sytosolissa on semi-fluid aineen täyttö sisätilojen solun ja upottaminen muihin soluelimiin ja subsellulaarisia osastoja (Clegg JS&aikana; (1984)). Sytosolissa itsessään on suljettu solukalvon ja limakalvojen eri soluelimiin, jolloin jopa erillinen solu-osastoon. Yhdessä sytosolit ja kaikki organellit tumaa lukuun ottamatta muodostavat sytoplasman. Esimerkki kuvia proteiinien lokalisoitu sytosoli voidaan nähdä kuvassa 1.,

Solun Atlas, 4740 geenit (24% kaikista proteiini-koodaus ihmisen geenejä) on osoitettu koodaavat proteiineja, jotka paikallistaa sen sytosolissa ja sen alarakenteita (Kuva 2). Analyysi sytosolisen proteome osoittaa rikastuminen ehdot biologisia prosesseja, jotka liittyvät proteiinin muuttaminen, mRNA hajoaminen, aineenvaihduntaan, signaalin transduktio ja solun kuoleman. Noin 79% (n=3738) sytosolisen proteiineja paikallistaa muihin solu-osastojen lisäksi sytosolissa. Yleisimmät lisäpaikat ovat tuma ja plasmakalvosto.,

G3BP1 – U-251 MG
QARS – U-2-KÄYTTÖJÄRJESTELMÄ
MTHFS – U-2 OS

Kuva 1. Esimerkkejä sytosoliin lokalisoiduista proteiineista. G3BP1 on sytosolissa paikallinen entsyymi, jolla on rooli signaalitransduktiossa (havaittu U-251 MG: n soluissa). QARS katalysoi aminoacylation tRNA niiden liittyvät aminohappo (havaittu U-2 OS-soluissa). MTHFS on entsyymi, joka osallistuu metabolisiin prosesseihin (havaittu U-2 OS-soluissa).

Kuva 2., 24% kaikista ihmisen proteiinia koodaavista geeneistä koodaa sytosoliin lokalisoituja proteiineja. Jokainen palkki on klikattava ja antaa hakutuloksen valitulle luokalle kuuluvista proteiineista.

Koostumus sytosolissa

Päin

• Aggresome: 21
• Sytosolissa: 4658
• Sytoplasman elimet: 77
• Tangot & Renkaat: 20

sytosolissa muodostaa noin 70% kokonaismäärästä ihmisen soluja, ja on erittäin tungosta ja monimutkainen (Luby-Phelps K&aikana; (2013))., Sytosolissa koostuu pääasiassa vettä (noin 70% tilavuudesta) ja proteiineja (20-30% tilavuudesta) (Luby-Phelps K&aikana; (2000); Ellis RJ&aikana; (2001)). Sen sijaan neste, se on usein kuvattu hydrofiilinen jelly-kuten matriisi, joka mahdollistaa vapaan liikkuvuuden ioneja, hydrofiilisiä molekyylejä ja proteiineja, mutta myös suurempia rakenteita, kuten proteiini kompleksit ja rakkulat, koko solu. Ionit, kuten kalium -, natrium -, bikarbonaatti -, kloridi -, kalsium -, magnesium-ja aminohapot ovat myös tärkeitä constitues ja sytosolissa., Erot pitoisuus näiden ionien välillä sytosolissa ja solunulkoisen nesteen tai sytosolisen soluelimiin ovat välttämättömiä monia solun toimintoja, esimerkiksi, jotta solu-solu viestintä klo synapsien hermosolujen. Ihmisen sytosolisen pH vaihtelee välillä 7.0 – 7.4 ja on yleensä korkeampi, jos solu on kasvava (Kirkas GR et al. (1987)).

Esimerkki kuvia proteiini koodattu MTHFD1 petsattu 3 eri solulinjoja voidaan nähdä Kuvassa 3.

MTHFD1
MTHFD1
MTHFD1

Kuva 3., Esimerkkejä morfologia sytosolissa eri solulinjoja, edustaa immunofluorescent värjäys proteiinia MTHFD1 A-431, U-251 MG ja U-2 OS-soluissa.

sytosolissa sisältää myös erilaisia ei-kalvo sidottu rakenteita, mukaan lukien sytoplasman inkluusio, kuten glykogeenin-, pigmentti – ja kiteinen sulkeumat, ja sytoplasman elinten, kuten P elinten ja stressi rakeita. Aggresomes ovat suuria osallisuuden elimet muodostuvat aktiivinen taaksepäin kuljetuksen väärin laskostuneet proteiinit vaikka mikrotubuluksia pitkin (Kopito RR&aikana; (2000))., Tämä sitomista on soluja suojaava toiminto, yhdistetyt proteiinit, jotka eivät ole selvitetty proteosomal hajoamista. P elimet ovat ei-kalvo sidottu pesäkkeitä mRNA: n ja proteiinien, jotka toimivat RNA: n liikevaihto, translaation sorron, RNA-välitteinen hiljentäminen, ja RNA varastointi (Aizer et al. (2008)). Harvinainen ja melko äskettäin löydetty rakenne, joka voi näkyä sytosolissa ovat sauvat ja renkaat (RRs)., Nämä ovat hehkulampun kaltaisia rakenteita, jotka sisältävät proteiinien biosynteesiin nukleotidit, alun perin löysi käyttö ihmisen autovasta-aineet, mutta vähän tiedetään niiden biologinen funktio (Carcamo WC et al. (2014)).

taulukossa 1 on luettelo sytosolin merkkiaineena käytettävistä proteiineista.

Taulukko 1. Sytosolin merkkiaineiksi sopivien proteiinien valinta.,olyl-tRNA synthetase

Cytosol HARS Histidyl-tRNA synthetase Cytosol ATXN2L Ataxin 2 like Cytosol AMPD2 Adenosine monophosphate deaminase 2 Cytosol RABGAP1 RAB GTPase activating protein 1 Cytosol

Function of the cytosol

The cytosol has an important role in providing structural support for other organelles and in allowing transport of molecules across the cell., Esimerkiksi, aineenvaihdunta usein tarvitse kuljettaa koko sytosolissa alueen niiden tuotanto-sivuston, missä niitä tarvitaan, ja eri signaalit täytyy olla transduced alkaen solukalvon kohde-osastoja. Lisäksi sytosolissa esiintyy monia tärkeitä soluprosesseja ja reaktioita, erityisesti metabolista luonnetta. Nämä prosessit ovat proteiinisynteesiä läpi käännöksen ensimmäinen vaihe soluhengityksen kautta glykolyysin, ja solunjakautumisen kautta mitoosin ja meioosin., Sytosolissa myös keskeinen rooli ylläpitää kaltevuudet koko limakalvojen, joka on tärkeä solun signalointi, osmoosi ja solun ärtyvyyttä (Lang F&aikana; (2007)).

luettelo erittäin ilmentyneistä sytosoliproteiineista on yhteenveto taulukossa 2. Gene Ontologia (MENNÄ) perustuva analyysi sytosolisen proteome osoittaa rikastuminen termejä, jotka ovat hyvin linjassa tunnettu toiminnot sytosolissa., GO-domainin biologisen prosessin erittäin rikastetut termit liittyvät kääntämiseen, translaation jälkeisiin modifikaatioihin, signalointireitteihin ja solukuolemaan (Kuva 4a). Rikastus-analyysin MENNÄ domain Molekyyli-Toiminto osoittaa myös merkittäviä rikastamiseen liittyviä termejä käännös ja proteiinin aineenvaihduntaan (Kuva 4b).

Kuva 4a. Gene Ontologia-pohjainen rikastus analyysi sytosolissa proteome osoittaa merkittävästi rikastettu ehdot MENNÄ domain Biologinen Prosessi., Jokainen palkki on klikattava ja antaa hakutuloksen valitulle luokalle kuuluvista proteiineista.

Kuva 4b. Gene Ontologia-pohjainen rikastus analyysi sytosolissa proteome osoittaa merkittävästi rikastettu ehdot MENNÄ domain Molekyyli-Toiminto. Jokainen palkki on klikattava ja antaa hakutuloksen valitulle luokalle kuuluvista proteiineista.

Taulukko 2. Erittäin ilmaisi yhden paikallistamisen sytosolisen proteiineja eri solulinjoissa.,e”>91

PABPC1 Poly(A) binding protein cytoplasmic 1 84 EIF4G2 Eukaryotic translation initiation factor 4 gamma 2 82 RPS18 Ribosomal protein S18 75

Cytosol proteins with multiple locations

Approximately 79% (n=3738) of the cytosolic proteins detected in the Human Protein Atlas also localize to other cellular compartments (Figure 5)., Verkko juoni osoittaa, että yleisin osastojen jakaminen sytosolin proteiinit ovat tuman, solukalvon ja nucleoli. Varsinkin proteiineja, jotka paikallistaa sekä sytosolissa ja tumassa, sekä sytosolissa ja solukalvon, ovat yliedustettuina. Todellakin, on olemassa monia proteiineja tunnetaan kuljetettava, tai jatkuvasti shuttle, välillä sytosolissa ja nämä osastot, mukaan lukien transkriptio tekijät, ribosomien proteiinit ja merkinanto-molekyylejä. Esimerkkejä sytosoliproteiinin monilokalisoivista proteiineista on kuvassa 6.,

Kuva 5. Interactive Network plot of the cytosol proteins with multiple localizations. Yhdistävien solmujen numerot osoittavat proteiinit, jotka on lokalisoitu sytosoliin ja yhteen tai useampaan lisäpaikkaan. Vain useamman kuin yhden proteiinin ja vähintään 0,5% sytosoliproteiinin proteiineista sisältävät solmut on esitetty. Ympyräkoot liittyvät proteiinien määrään., Syaani värilliset solmut näyttää yhdistelmät, jotka ovat merkittävästi yliedustettuina, kun taas magenta värillinen solmut näyttää yhdistelmät, jotka ovat merkittävästi aliedustettuina verrattuna todennäköisyys toteamalla, että yhdistelmä, joka perustuu taajuus jokainen merkintä ja hypergeometrinen testi (p<=0.05). Huomaa, että tämä laskelma tehdään vain proteiineille, joilla on kaksi lokalisointia. Jokainen solmu on klikattava ja tuloksena on luettelo kaikista proteiineista, joita on kytketty organelleja.

RPL10A
STAT5A
DDX55

Kuva 6., Esimerkkejä sytosoliproteiinin monilokalisoivista proteiineista. RPL10A on tunnettu ribosomaalinen proteiini, jota tarvitaan 60-luvun ribosomaalisten alayksiköiden muodostamiseen. Se on osoitettu paikallistaa sekä nucleoli ja sytosolissa (havaittu U-2 OS-soluissa). STAT5A kuuluu STAT-transkriptiotekijöiden sukuun. Se translocates päässä sytosolissa osaksi ydin vastauksena fosforylaation (havaittu A-431-solut). DDX55 on DEAD box-proteiiniperheen jäsen, joka osallistuu useisiin soluprosesseihin, joihin liittyy RNA: n sekundaarisen rakenteen muutos., Se on osoitettu paikallistaa ydin, nucleoli ja sytosolissa (havaittu A-431-solut).

Lauseke-tasot sytosolin proteiinit kudosten

Transcriptome analyysi ja luokittelu geenejä kudoksiin jakautuminen luokkiin (Kuva 8) osoittaa, että geenit koodaavat proteiineja, paikallistamisen, että sytosolissa ja sen alarakenteita ovat samanlainen jakelu kaikki geenit Solussa Atlas, mutta pieni, mutta merkittävä väheneminen murto-osa gened varten whcih theexpression on rajoitettu joitakin kudoksia.

Kuva 7., Baari juoni osoittaa prosenttiosuuden geenien eri kudoksiin jakautuminen luokkiin sytosolissa-liittyvät proteiini koodaus geenien verrattuna kaikki geenit Solussa Atlas. Asteriski merkitsee tilastollisesti merkitsevää poikkeamaa (p≤0,05) geenien määrässä kategoriassa binomisen tilastollisen testin perusteella. Jokainen palkki on klikattava ja antaa hakutuloksen valitulle luokalle kuuluvista proteiineista.

relevantit linkit ja julkaisut

---