Carol al II-lea (r. 1660-1685)
Cel mai mare fiu supraviețuitor al lui Carol I, Carol a fost opt ani când a izbucnit Războiul Civil. El a fost cu tatăl său la Bătălia de la Edgehill și la Oxford, până când a ordonat de el să caute siguranța Franței. scoțienii au fost îngroziți când Carol I a fost executat în 1649, iar în timp ce Anglia a devenit republică, l-au proclamat rege pe fiul său și l-au invitat să vină în Scoția. Acceptând cererile Presbiteriene ca el să semneze Pactul Național, el a făcut acest lucru.,Cromwell a mărșăluit apoi spre nord, i-a învins pe scoțieni în Bătălia de la Dunbar din 3 septembrie 1650, a capturat o parte din sudul Scoției și a confiscat și înlăturat înregistrările publice ale națiunii, deși nu a reușit să obțină onorurile Scoției (Regalia scoțiană).la 1 ianuarie 1651, scoțienii l-au încoronat pe Carol al II-lea la Scone (aceasta s-a dovedit a fi ultima astfel de încoronare la Scone). În iulie, Armata engleză a mărșăluit în Fife și apoi a capturat Perth, în timp ce forțele scoțiene s-au îndreptat spre sud în Anglia, unde au fost înfrânte în Bătălia de la Worcester din 3 septembrie 1651., Carol al II-lea a scăpat și a fugit în Franța încă o dată. Între timp, englezii au trecut la Stirling și Dundee.
până la 1 octombrie, rezistența scoțiană a fost efectiv la sfârșit, iar guvernul englez a anunțat că Anglia și Scoția au fost de acum înainte să fie o commonwealth. Această unire a intrat în vigoare din 1652, deși actele de unire nu au devenit lege până în 1657.Scoția a fost reprezentată inadecvat în Parlament și un consiliu de stat înființat în 1655 a inclus doar doi scoțieni., Sistemul administrativ și juridic rezultat a fost eficient, dar ruina financiară a fost larg răspândită, legislația a fost concepută pentru a se potrivi economiei engleze, dar nu și economiei scoțiene, iar diviziunile ecleziastice de lungă durată au continuat.Carol al II-lea a petrecut următorii nouă ani în exil, până când în 1660 a fost invitat înapoi la Londra și restaurat la tronul tatălui său. Întotdeauna și-a amintit cu dezgust timpul petrecut în Scoția. Prezbiterienii i-au ținut constant prelegeri despre moralitate și i-au spus că regii erau doar vasalii lui Dumnezeu, ca toți ceilalți, așa că nu avea nicio dorință de a merge din nou spre nord., În schimb, Carol al II-lea l-a părăsit pe secretarul său de Stat, Ioan, Duce de Lauderdale, pentru a-și impune politicile de absolutism regal atât în biserică, cât și în stat.
Obiectând la reintroducerea episcopilor în Biserica Scoției, legămintele s-au răzvrătit în Pentland Rising din 1666, dar au fost învinși în Bătălia de la Rullion Green, nu departe de Edinburgh. Lauderdale a încercat o politică de conciliere, dar un alt Legământ a fost pus în jos de fiul nelegitim al regelui, Ducele de Monmouth, la Bătălia de la Bothwell Bridge din Lanarkshire pe 22 iunie 1679., Creșterea opoziției față de guvernul corupt al lui Lauderdale a dus la căderea sa de la putere în anul următor.faza finală a domniei lui Carol al II-lea a fost preluată în principal de încercările de a soluționa disensiunile religioase. regele nu avea copii legitimi și era conștient că scoțienii priveau cu îngrijorare perspectiva ca fratele său Romano-Catolic James să-l succeadă. Charles a murit după un accident vascular cerebral în 1685, problema fiind încă nerezolvată.