czym jest sekwencjonowanie DNA nowej generacji?
w przeciwieństwie do metod microarray, podejścia oparte na sekwencji bezpośrednio określają sekwencję kwasu nukleinowego danego DNA lub cząsteczki cDNA.
pierwszy duży wypad do sekwencjonowania DNA był Human Genome Project. Projekt ten, który wykorzystywał sekwencjonowanie pierwszej generacji, znany jako sekwencjonowanie Sanger (metoda zakończenia łańcucha), trwało 13 lat, kosztował $ 3 miliard i został zakończony w 2003 roku.,
w porównaniu do konwencjonalnego sekwencjonowania Sanger przy użyciu elektroforezy kapilarnej, krótki odczyt, masowo równoległe sekwencjonowanie technika jest zasadniczo różne podejście, które zrewolucjonizowało możliwości sekwencjonowania i uruchomił metody sekwencjonowania drugiej generacji – lub sekwencjonowania następnej generacji (NGS) – które zapewniają rzędy wielkości więcej danych przy znacznie niższych kosztach powtarzających.
sekwencjonowanie nowej generacji (NGS), znany również jako wysokiej przepustowości sekwencjonowania, jest catch-wszystkie termin używany do opisania wielu różnych nowoczesnych technologii sekwencjonowania., Technologie te pozwalają na sekwencjonowanie DNA i RNA znacznie szybciej i taniej niż wcześniej stosowane sekwencjonowanie Sangera i jako takie zrewolucjonizowały badania nad genomiką i biologią molekularną. Do takich technologii należą:
zalety NGS
NGS może być używany do analizy próbek DNA i RNA i jest popularnym narzędziem w genomice funkcjonalnej.,>wyższy zakres dynamiczny sygnału
technologie NGS
- sekwencjonowanie Illumina (Solexa): sekwencjonowanie Illumina działa poprzez jednoczesną identyfikację zasad DNA, ponieważ każda z zasad emituje unikalny sygnał fluorescencyjny i dodaje je do łańcucha kwasu nukleinowego
- sekwencjonowanie Roche 454: ta metoda opiera się na pirosequencing, technika która wykrywa Pirofosforan uwalnianie, znowu używać fluorescencja, po nukleotydy włączać polimeraza nowy nić DNA.,
- ion Torrent: sekwencjonowanie protonów / PGM: sekwencjonowanie jonowe torrent mierzy bezpośrednie uwalnianie H+ (protonów) z wbudowania poszczególnych zasad przez polimerazę DNA i dlatego różni się od poprzednich dwóch metod, ponieważ nie mierzy światła.
kilka następnych stron zawiera objaśnienia krok po kroku, jak działa każda z tych technologii NGS.,
te filmy na Youtube dają przydatny przegląd jak sekwencjonowanie Sanger i różnych technologii sekwencjonowania następnej generacji pracy i kiedy ich używać:
sekwencjonowanie następnej generacji (NGS) – wprowadzenie
kiedy używać sekwencjonowania Sanger vs. NGS? – Seq It Out #7