Karel II (r. 1660-1685)
De oudste overlevende zoon van Karel I was acht jaar oud toen de Burgeroorlog uitbrak. Hij was met zijn vader in de Slag bij Edgehill en in Oxford, totdat hij van hem de opdracht kreeg om de veiligheid van Frankrijk te zoeken. de Schotten waren geschokt toen Karel I in 1649 werd geëxecuteerd, en terwijl Engeland een republiek werd, riepen ze zijn zoon uit tot koning en nodigden hem uit om naar Schotland te komen. Akkoord gaan met Presbyterian eist dat hij het nationale verbond te ondertekenen, deed hij dat.,Cromwell marcheerde vervolgens naar het noorden, versloeg de Schotten in de Slag bij Dunbar op 3 September 1650, veroverde een deel van Zuid-Schotland en nam de openbare archieven van de natie in beslag, hoewel hij er niet in slaagde om de eer van Schotland (de Schotse regalia) te veroveren.op 1 januari 1651 kroonden de Schotten Karel II te Scone (dit bleek de laatste kroning te scone). In Juli marcheerde het Engelse leger Fife binnen en veroverde vervolgens Perth, terwijl de Schotse troepen zuidwaarts naar Engeland trokken, waar ze werden verslagen in de Slag bij Worcester op 3 September 1651.,
Karel II ontsnapte en vluchtte opnieuw naar Frankrijk. De Engelsen trokken verder om Stirling en Dundee in te nemen.op 1 oktober was het Schotse verzet effectief ten einde en de Engelse regering kondigde aan dat Engeland en Schotland voortaan één Gemenebest zouden zijn. Deze Unie trad in werking vanaf 1652, hoewel de handelingen van de Unie pas in 1657 wet werden.Schotland was onvoldoende vertegenwoordigd in het Parlement en een in 1655 opgerichte Raad van state omvatte slechts twee Schotten., Het resulterende administratieve en juridische systeem was efficiënt, maar de financiële ondergang was wijdverspreid, wetgeving was ontworpen om de Engelse maar niet de Schotse economie aan te passen, en de langdurige kerkelijke verdeeldheid bleef bestaan.Karel II bracht de volgende negen jaar door in ballingschap, totdat hij in 1660 weer naar Londen werd uitgenodigd en op de troon van zijn vader werd hersteld. Hij herinnerde zich altijd met afkeer zijn tijd in Schotland. De Presbyterianen hadden hem voortdurend de les gelezen over moraliteit en hem verteld dat koningen slechts de vazallen van God waren, zoals ieder ander, en dus had hij geen verlangen om weer naar het noorden te gaan., In plaats daarvan verliet Karel II zijn minister van Buitenlandse Zaken, John, Hertog van Lauderdale, om zijn beleid van Koninklijk absolutisme in zowel kerk als staat af te dwingen.de Covenanters kwamen in opstand tijdens de Pentland Rising van 1666, maar werden verslagen in de Slag bij Rullion Green, niet ver van Edinburgh. Lauderdale probeerde een verzoeningsbeleid te voeren, maar een nieuwe opstand werd neergeslagen door de buitenechtelijke zoon van de koning, de hertog van Monmouth, in de Slag bij Bothwell Bridge in Lanarkshire op 22 juni 1679., Toenemende oppositie tegen Lauderdale ‘ s corrupte regering leidde tot zijn val van de macht het volgende jaar.de laatste fase van Karel II ‘ s regering werd voornamelijk opgenomen met pogingen om religieuze verdeeldheid te beslechten. de koning had geen wettige kinderen, en hij was zich er terdege van bewust dat de Schotten bezorgd waren over het vooruitzicht dat zijn Rooms-Katholieke broer Jacobus hem zou opvolgen. Charles overleed na een beroerte in 1685, maar het probleem was nog niet opgelost.